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Cell子刊：促炎还是抗炎？肠菌代谢物尸胺如何调控免疫代谢影响肠炎？Cell Host and Microbe——[18.7]
① 研究对象与方法：通过体外代谢分析、小鼠结肠炎模型及炎症性肠病（IBD）患者队列，探究肠道菌群代谢产物尸胺对巨噬细胞能量代谢的调控机制及其在结肠炎症中的作用。② 核心发现：尸胺通过浓度依赖性方式重塑巨噬细胞能量代谢，调控结肠炎症——低浓度尸胺通过激活Nrf2通路促进抗炎表型，而高浓度则通过组胺4受体（H4R）驱动促炎反应，且肠道肠杆菌科细菌调控尸胺水平。③ 低浓度抗炎机制：在生理水平或低浓度下，尸胺经L-赖氨酸转运体进入巨噬细胞，通过硫氧还蛋白系统（基础状态）或ACOD1-衣康酸通路（炎症状态）激活转录因子Nrf2，增强线粒体呼吸，促进抗炎表型。④ 高浓度促炎机制：在过量或高浓度下，尸胺则通过激活H4R，将巨噬细胞的能量代谢重编程为糖酵解依赖模式，驱动促炎细胞因子产生，加剧炎症反应。⑤ 临床意义：在IBD患者中，粪便尸胺水平升高不仅与疾病活动期相关，还预示着更高的远期复发风险，且尸胺水平与肠杆菌科中赖氨酸脱羧酶基因的丰度正相关。
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Immunometabolic reprogramming of macrophages by gut microbiota-derived cadaverine controls colon inflammation
2025-09-30 , doi: 10.1016/j.chom.2025.09.009
Nature子刊：营养匮乏如何影响肠道菌群？（观点）Nature Microbiology——[19.4]
① 核心观点：营养匮乏通过影响微生物生理、生态与进化，重塑肠道生态系统，其机制与健康影响亟待深入研究。② 生理策略：微生物通过休眠（如孢子形成）、代谢重编程（如合成铁载体）及基因突变（如GASP突变）应对营养匮乏，不同物种策略差异显著。③ 生态动态：宿主行为（禁食、饮食变化）引发菌群结构变化，禁食时拟杆菌等菌群利用宿主来源养分增殖，而厚壁菌减少；饮食纤维匮乏导致专性纤维降解菌（如某些拟杆菌）灭绝或衰退。④ 进化适应：长期营养匮乏驱动遗传适应，如GASP突变提升存活能力但牺牲快速增殖能力，孢子形成能力的进化与宿主环境相关（如艰难梭菌保留孢子能力）。⑤ 宿主-微生物互作：宿主通过“营养免疫”限制病原体金属获取，而共生菌通过竞争营养（如碳、氨基酸）抵御入侵病原体，形成定植抗性。⑥ 技术挑战：需开发新型工具（如微流控、单细胞测序）研究厌氧菌及复杂群落，量化死亡生物质（necromass）循环对群落演替的影响。⑦ 未来方向：解析禁食、冬眠等极端状态下的微生物群落组装规则，探索营养干预策略调控菌群以改善代谢疾病，同时需关注宿主-菌群协同应对营养压力的机制。
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How nutrient starvation impacts the gut microbiome
2025-09-30 , doi: 10.1038/s41564-025-02139-9
NC：千人研究揭示，塑造健康肠道菌群，不仅要吃得"好"，更要吃得"规律"Nature Communications——[15.7]
① 研究对象与方法：探究饮食规律性与质量对肠道菌群多样性的影响。研究采用智能手机实时饮食记录和16S rDNA测序技术，分析约1000名参与者的饮食数据与肠道微生物组成，重点使用健康饮食指数（HEI）及日均HEI评估饮食质量的日常规律性。② 核心发现：高质量饮食（蔬菜、水果、坚果、高HEI）与肠道微生物多样性及粪便质量正相关，快餐饮食则相反；饮食规律性（如食物摄入量变异系数CV）对微生物多样性的影响比平均摄入量更强；机器学习显示肠道菌群与饮食因素双向预测性强，AUC达0.85-0.9。③ 饮食质量关联：高HEI饮食（含纤维、钾、镁等）显著提升Shannon多样性指数，而快餐摄入与微生物多样性降低相关；多变量分析显示HEI独立预测Shannon指数（β=0.019），且日均HEI的预测效力高于传统HEI。④ 饮食规律性作用：水果、油类坚果等食物摄入的CV值与微生物多样性负相关，如水果CV的关联强度（r=-0.18）高于摄入量（r=0.12）；饮食不规律（高CV）可能破坏菌群稳态，降低多样性。⑤ 微生物与健康关联：特定菌群如Eubacterium_J和毛螺菌科与健康饮食模式正相关，而另一些菌群如Mediterraneibacter则与高肉类或快餐饮食相关；肠道菌群可预测饮食模式（如预测蔬菜水果摄入的AUROC达0.9），而日均HEI是预测微生物多样性的最强指标。
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Temporal nutrition analysis associates dietary regularity and quality with gut microbiome diversity: insights from the Food & You digital cohort
2025-09-30 , doi: 10.1038/s41467-025-63799-z
Science：抗生素如何重塑质粒？百年演化史揭示耐药性"超级载体"的来龙去脉Science——[45.8]
① 研究设计与方法：通过对1917-1954年间的历史细菌质粒与现代质粒进行比较基因组学分析，本研究追溯了抗生素时代前后，质粒介导的抗生素抗性演化历程。② 核心发现：抗生素前时代（PAE）的质粒几乎不含抗性基因，但其中一小部分通过复杂的融合与微演化，形成了驱动革兰氏阴性菌多重耐药性全球传播的现代高风险质粒。③ 质粒演化分类：根据演化轨迹，质粒被分为三类密切家族（CFs）——仅存于PAE时期的PAE-CFs、贯穿两个时代的Mixed-CFs，以及仅见于现代的Modern-CFs；后者虽数量占比不高，却携带了50%检测到的抗性基因。④ 高风险质粒特征：Modern-CFs质粒的尺寸显著更大，且更常为可自我转移的接合性质粒，并携带更多抗性基因，包括针对碳青霉烯类等最后防线药物的基因。⑤ 关键演化机制：质粒的演化遵循“融合-消亡”模型，即PAE质粒的基因片段被吸收并重组进Modern-CFs中，形成了结构复杂、携带多重复制子的高风险载体。⑥ 意义与启示：研究揭示并非所有质粒都平等地传播抗性，一小部分经由融合演化出的Modern-CFs是耐药性传播的关键节点，凸显了监控质粒融合对控制抗生素耐药性的重要性。
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Pre- and postantibiotic epoch: The historical spread of antimicrobial resistance
2025-09-25 , doi: 10.1126/science.adr1522
张彤等Nature子刊：抗微生物耐药性在人类、动物与环境中的连接性（观点）Nature Water——[24.1]
① 核心观点：抗微生物耐药性（AMR）在人类、动物与环境领域高度互联，需通过“同一健康”框架整合跨部门研究以遏制其全球蔓延。② 连接性定义：AMR连接性指三领域微生物及抗性基因（ARGs）的同质化，由污染、全球化及人类活动驱动，通过生态、微生物和遗传层面交互传播。③ 传播机制：ARG通过移动遗传元件（如质粒、整合子）扩散，生态层面的污染路径（如污水、养殖）与微生物层面的菌群迁移共同推高跨部门传播风险。④ 研究方法：建议结合基因组学与宏基因组学，以大肠杆菌为指示菌追踪ARG流动，量化生态、微生物及遗传层面的连接强度。⑤ 全球挑战：低收入国家因污水处理不足、抗生素滥用及卫生条件差面临更高AMR风险，需优先改善基础设施与污染管控。⑥ 解决方案：建立标准化监测体系与跨部门协作机制，通过减少ARG跨领域流动降低连接性，需兼顾区域差异制定针对性干预策略。⑦ 政策呼吁：呼吁全球投资支持“同一健康”行动，强化数据共享与资源分配，尤其在AMR热点区域（如污水厂、养殖场）实施源头防控。
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Assessing antimicrobial resistance connectivity across One Health sectors
2025-09-29 , doi: 10.1038/s44221-025-00514-8
华子春/朱波等：靶向炎症定植+高效药物分泌，工程益生菌疗效升级Advanced Science——[14.1]
① 工程菌设计：通过基因改造大肠杆菌Nissle 1917（EcN），使其表面展示ANXA5以靶向炎症、敲除lpp基因以高效分泌抗TNF-α纳米抗体（aTN），构建了用于治疗溃疡性结肠炎（UC）的工程菌。② 核心疗效：在UC小鼠模型中，该工程菌疗效优于野生型EcN及英夫利昔单抗，展现出靶向递送、抑制炎症和调节菌群等多重优势。③ 炎症靶向机制：表面蛋白ANXA5能结合凋亡细胞表面的磷脂酰丝氨酸，增强工程菌在炎症病灶的定植能力，实现精准靶向，且无全身分布风险。④ 分泌增强策略：敲除lpp基因增加了EcN外膜通透性，使aTN分泌效率提升约15倍，实现药物在炎症局部持续高效释放。⑤ 肠道微生态调控：该工程菌能恢复UC小鼠肠道菌群稳态，增加Muribaculaceae等有益菌，并抑制肠杆菌科等致病菌。⑥ 安全性验证：口服工程菌在主要脏器中无定植，不引发肝肾损伤或组织病理异常，生物安全性良好。⑦ 分子机制解析：该菌株通过抑制ROS/JNK/p38通路介导的细胞凋亡、修复紧密连接蛋白（ZO-1/Occludin）并减少炎症浸润，多维度修复肠黏膜屏障。
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An Inflammation-Targeting Engineered Probiotic Escherichia coli Nissle 1917 with High Anti-TNF-α Nanobody Secretion Efficacy Alleviates Ulcerative Colitis
2025-09-29 , doi: 10.1002/advs.202512360
王忠良等：酶驱动的仿生硫化氢递送系统，多维度治疗肠道炎症Advanced Materials——[26.8]
① 研究对象与方法：本研究构建了一种仿生硫化氢（H₂S）供给系统CPH，通过金属有机框架保护工程化胱硫醚γ-裂解酶（eCGL），模拟内源性酶促反应，并利用透明质酸（HA）修饰实现对炎症性肠病（IBD）的靶向治疗。② 核心研究发现：CPH可持续恒定地生成H₂S，在IBD模型中展现出缓解炎症、修复肠道屏障和调节菌群的多重功效，其疗效优于传统H₂S供体，且口服剂型疗效超过临床药物柳氮磺吡啶。③ 仿生设计优势：该系统利用多孔PCN材料模拟亚细胞区室，有效保护eCGL免受复杂生理环境的破坏，确保H₂S以恒定速率生成，克服了化学供体释放速率不稳的瓶颈。④ 靶向激活机制：CPH表面的HA分子不仅能靶向IBD组织高表达的CD44受体，还能响应病灶处高水平的透明质酸酶（HAase）实现降解，从而在病灶部位精准“开启”H₂S的生成。⑤ 多维治疗效果：CPH通过诱导巨噬细胞向抗炎M2型极化、上调肠道紧密连接蛋白表达以及恢复肠道菌群多样性与稳态，从免疫、物理屏障和微生态三个维度协同治疗IBD。⑥ 口服应用潜力：研究将CPH包载于肠溶水凝胶（CPH@GEL）中成功实现了口服递送，该剂型能抵抗胃酸降解并在肠道靶向释放，展现出优于临床一线药物的治疗潜力。
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A Promising Biomimetic Hydrogen Sulfide System for Advancing Inflammatory Disease Treatment
2025-09-28 , doi: 10.1002/adma.202510602
周声宁/韩方海/钟广宇等：成纤维细胞外泌体促大肠癌进展的新机制Advanced Science——[14.1]
① 研究对象与机制：本研究通过分析临床样本并结合体内外实验，探究了癌相关成纤维细胞（CAFs）通过细胞外囊泡（EVs）递送circTAX1BP1，以促进结直肠癌肝转移（CRLM）的分子机制。② 核心发现：CAFs来源的EV-circTAX1BP1通过促进VIRMA蛋白乳酰化，增强SP1 mRNA的m6A稳定性，进而激活促进肿瘤进展的TGF-β正反馈回路。③ 来源与功能：EVs中的circTAX1BP1在CRLM中显著富集并与不良预后相关，抑制该分子可有效阻碍肿瘤的增殖与转移。④ 乳酰化调控机制：circTAX1BP1作为支架，结合VIRMA并招募丙氨酰-tRNA合成酶2（AARS2），特异性促进VIRMA的K1713位点乳酰化，进而增强SP1 mRNA的m6A修饰与稳定性。⑤ 正反馈回路形成：稳定的SP1蛋白促进TGF-β分泌，而TGF-β反作用于ITGA11+ myCAFs亚群，促其释放更多EV-circTAX1BP1，形成恶性循环。⑥ 临床转化价值：临床前模型验证，联合阻断circTAX1BP1与TGF-β信号可有效抑制肿瘤生长，且血浆EV-circTAX1BP1可作为CRLM的潜在诊断生物标志物。
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Extracellular Vesicle-Packaged circTAX1BP1 from Cancer-Associated Fibroblasts Regulates RNA m6A Modification through Lactylation of VIRMA in Colorectal Cancer Cells
2025-09-29 , doi: 10.1002/advs.202514008
刘芳兵/孙立伟/佟海滨/王丹丹等：黄芪甲苷IV如何"解毒"果糖诱导的肠道代谢衰老？ACS Central Science——[10.4]
① 多模型探究机制：本研究通过细胞、果蝇、小鼠肠道类器官及整体动物模型，结合分子对接与定点突变技术，探究了黄芪甲苷IV（AS-IV）在缓解果糖诱导的肠道代谢衰老中的作用。② 核心机制：AS-IV通过直接抑制果糖代谢关键酶——酮己糖激酶（KHK）的活性，从而保护肠道干细胞（ISC）功能并维持其稳态。③ 作用靶点与位点：AS-IV特异性结合KHK蛋白的Asn261和Ala226两个关键位点，其中Asn261的突变会完全消除KHK的催化活性，证实了其在酶功能中的核心作用。④ 验证体内外功效：在多种模型中，AS-IV均显著逆转了高果糖饮食引起的肠道衰老表型，恢复了ISC的增殖能力，并抑制了衰老相关分泌表型（SASP）炎症因子的表达。⑤ 代谢调控与意义：AS-IV通过靶向抑制KHK，有效减少了棕榈酸和神经酰胺等脂毒性代谢物的积累，为干预果糖驱动的肠道衰老及相关疾病提供了新的分子靶点和潜在策略。
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Astragaloside IV Alleviates Fructose-Induced Intestinal Metabolic Senescence by Targeting Ketohexokinase Asn261/Ala226 to Preserve Intestinal Stem Cell Homeostasis
2025-07-29 , doi: 10.1021/acscentsci.5c00726
dMMR/MSI-H胃食管癌：新辅助免疫治疗"清扫"肿瘤，能否替代手术？Journal of Clinical Oncology——[41.9]
① 研究设计与方法：本研究通过个体患者数据汇总分析，比较了新辅助免疫检查点抑制剂（ICIs）与FLOT化疗及手术等策略在dMMR/MSI-H可切除胃食管腺癌中的疗效。② 核心发现：新辅助ICIs能显著提升病理缓解率和肿瘤降期效果，但与单纯手术相比未显示生存获益差异，其价值在于为临床高危患者提供更优的术前治疗选择。③ ICIs病理反应优势：对比FLOT化疗，ICIs治疗的病理完全缓解（pCR）率（61.9% vs 3.7%）和主要病理缓解（MPR）率（78.6% vs 10%）均显著更高。④ 生存结果无差异：在36个月的随访中，ICIs组的无事件生存（EFS）率与总生存（OS）率和单纯手术组相比无统计学差异，提示病理缓解优势未直接转化为生存获益。⑤ 未来治疗方向：鉴于术后淋巴结阳性（ypN+）是关键不良预后因素，而ICIs能有效实现降期，故推荐用于高危患者，并为其高缓解率驱动的非手术治疗探索提供了依据。
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Neoadjuvant CTLA-4/PD-(L)1 Blockade Versus Surgery +/- Chemotherapy in Deficient Mismatch Repair/Microsatellite Instability-High Resectable Gastroesophageal Adenocarcinoma: Individual Patient Data Pooled Analysis
2025-09-29 , doi: 10.1200/JCO-25-00447
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